Podczas dodawania kolejnego podpisu do już podpisanego dokumentu pojawia się błąd:

class pl.unizeto.procertum.xades.UniXAdESVerifyException: Różne listy referencji w podpisach równoważnych.
    pl.unizeto.procertum.xades.e.a(Unknown Source)
    pl.unizeto.procertum.xades.h.a(Unknown Source)
    pl.unizeto.procertum.xades.h.addSignBinaryQualified(Unknown Source)
    pl.unizeto.pcja.gui.SignPanel.sign(Unknown Source)
    pl.unizeto.pcja.gui.SignPanel.access$5100(Unknown Source)
    pl.unizeto.pcja.gui.SignPanel$45.doInBackground(Unknown Source)
    pl.unizeto.pcja.gui.SignPanel$45.doInBackground(Unknown Source)
    javax.swing.SwingWorker$1.call(Unknown Source)
    java.util.concurrent.FutureTask.run(Unknown Source)
    javax.swing.SwingWorker.run(Unknown Source)
    java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source)
    java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source)
    java.lang.Thread.run(Unknown Source)

Problemem jest fakt że poprzednie podpisy zostały dodane z wykorzystaniem funkcji skrótu SHA-1.
Natomiast nowy dodatkowy podpis będzie składanych przy pomocy funkcji skrótu SHA-2.
Najprawdopodobniej poprzednia wersja programu ProCertum SmartSign nie obsługiwała takiej możliwości, czego wynikiem był ten błąd.
Rozwiązaniem problemu jest ściągnięcie najnowszej wersji programu.
Po instalacji bez problemów podpisujemy dokument.